دانشجویان کارشناسی ارشد میکروبیولوژی جهرم 87
دانشجویان کارشناسی ارشد میکروبیولوژی جهرم 87
وبلاگ تخصصی میكروبیولوژی

2-نحوه نوشتن مراجع در فهرست منابع :

الف ـ ترتیب نوشتن مرجع كتب خارجی:
نام و نام خانوادگی ـ فاصله ـ حروف اول نام كوچك نویسنده ـ سال انتشار ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ عنوان كتاب ( با حروف ایتالیك ) ـ كاما ـ شماره جلد ـ كاما ـ شماره چاپ ـ نقطه ـ اسم ناشر ـ كاما ـ محل نشر ـ كاما ـ شماره صفحه ـ نقطه

Atlas M , Bartha R (1998). Microbial Ecology Fundamentals and Application , 4th edition.London , 66-67,466 .


در مطالبی كه فقط از یك فصل كتاب ذكر شده باشند:
نام خانوادگی نویسنده فصل ـ فاصله ـ نام كوچك نویسنده فصل ـ سال انتشار ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ عنوان فصل ـ نقطه ـ كلمه In" " ـ دو نقطه ـ نام خانوادگی مؤلف كتاب ـ فاصله ـ حرف اول نام كوچك مؤلف كتاب ـ دو نقطه ـ عنوان كتاب ( با حروف ایتالیك ) ـ كاما ـ شماره جلد ـ كاما ـ شماره چاپ ـ نقطه ـ اسم ناشر ـ كاما ـ محل نشر ـ كاما ـ شماره صفحه ـ نقطه

Estes M K, Kapikian AZ (2007) .Rotavirus. in: Knipe DM, Howley PM : Fields Virology, 5th edition. Lippincott Williams and Wilkins ,Philadelphia,1918-1958.


اگر تعداد نویسنده بیش از یك نفر باشد بین آنها كاما آورده می شود.


 
ب ـ ترتیب نوشتن مرجع مقالات خارجی:
نام خانوادگی نویسنده ـ فاصله ـ حرف اول نام كوچك نویسنده ـ نقطه ـ سال انتشار ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ عنوان مقاله ـ نقطه ـ نام مجله ( با حروف ایتالیك ) ـ كاما ـ شماره جلد ـ شماره مجله ( داخل پرانتز ) ـ كاما ـ شماره صفحه ـ نقطه

Payne DC, Allen Staat M, Edwards KM, Szilagyi PG, Gentsch JR, et al.(2008). Active, Population-Based Surveillance for Severe Rotavirus Gastroenteritis in Children in the United States. PEDIATRICS , 122 (6), 1235-1243 .


اگر تعداد نویسنده 6 نفر ( یا بیشتر ) باشد برای بقیه"et al" ذكر می شود.
بین نام نویسندگان كاما آورده می شود.
در مورد مقالاتی كه برای انتشار در مجله پذیرفته شده است ولی به چاپ نرسیده است در صورت مشخص بودن شماره مجله میتوانیم آن را نوشته و در پایان ( بدون ذكر شماره صفحه ) در داخل پرانتز عبارت”In press” را بیاوریم.

 
ج ـ ترتیب نوشتن مراجع كتب فارسی:
نام خانوادگی نویسنده(كتاب)- كاما- حرف اول نام كوچك نویسنده- دو نقطه- عنوان كتاب- نقطه- شماره جلد- شماره چاپنقطه- اسم ناشر- كاما- محل نشر كاما- شماره صفحات(صص:برای چند صفحه) و (ص: برای یك صفحه) كاما- سال انتشار- نقطه
ناظم، م ؛ قناعت ، ج؛ راشد، ط ؛ نادری نسب ،م : ویروس شناسی پزشكی . چاپ اول.نشر نیما ، مشهد، ص:120 ،1379 .

اگر تعداد نویسنده بیش از یك نفر باشد بین آنها « ؛ » ( نقطه ویرگول ( آورده می شود.
اگر منبع مورد استفاده تعداد نویسندگان زیادی داشت لازم است اسامی تمامی آنها قید شود.


اگر كتاب ترجمه شده است نام مترجم پس از نام كتاب بیان شود.
مثال: جاوتز، ملنیك ، آدلبرگ : میكروب شناسی پزشكی .ترجمه حبیب ضیغمی؛ مسعودآل بویه؛ داود اسماعیلی. مؤسسه انتشاراتی اندیشه رفیع ، تهران ، 475-470 ، 1387 .

د- ترتیب نوشتن مراجع مقالات فارسی:
نام خانوادگی نویسنده ( مقاله ) ـ كاما ـ حرف اول نام كوچك نویسنده ـ دو نقطه ـ عنوان مقاله(داخل گیومه) ـ نقطه ـ نام مجله ـ دو نقطه - سال مجله ـ كاما ـ شماره تسلسل مجله ـ كاما ـ شماره صفحه ـ كاما ـ سال انتشار ـ نقطه
مثال مقالات فارسی:

طارمی، م؛ فرحتاج، ف؛ گچكار، ل؛ عدالتخواه، ه؛ عظیمی راد،م و همكاران : «بررسی اپیدمیولوژیك عفونت روتاویروس در كودكان كمتر از 5 سال مبتلا به اسهال حاد مراجعه كننده به بیمارستان مركز طبی ، سال84-1383» . فصلنامه بیماری های عفونی و گرمسیری : سال دهم ، شماره30 ،صفحات 20 تا 28 ، پاییز84

در مورد مقالاتی كه برای انتشار در مجله پذیرفته شده ولی هنوز به چاپ نرسیده است در صورت مشخص بودن شماره مجله می توانیم رفرنس مربوطه را بیاوریم كه در این حالت شماره صفحات قید نمی شود ولی در آخر عبارت « در حال چاپ » در انتهای رفرنس درج می شود.

 
ه ـ نحوه نوشتن مرجع وب سایت ها ( قسمتی از وب سایت) :
به دو مثال زیر توجه كنید:

Lynch, Time.1996. DS9 Trials and Tribble-actions review [On Line].
Peoria IL: Bradley University; Available from http:// www.bradley. edu/compusorg/psiohi/DS9/ep/503r.htm; Internet; accessed 8 October 1997.

 

International Civil Organization. Convention on International Civil Aviation. 1996 [On Line]. Aviailable From: http://www.me.titech.ac.jp=@=:www.com.org/icao/takeoff.htm


در صورتی كه كل وب سایت بعنوان مرجع باشد در همان محل اشاره شده و در فهرست منابع وارد نخواهد شد.

 و ـ نحوه نوشتن پایان نامه ها به عنوان مرجع :

   - 
اگر پایان نامه به زبان انگلیسی باشد:
نام خانوادگی نویسنده ـ فاصله ـ نام حرف اول كوچك نویسنده ـ نقطه ـ سال انتشار ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ عنوان تز ( با حروف ایتالیك ) ـ نقطه ـ مقطع تز ـ كاما - دانشگاه مربوطه ـ نقطه

Bucardo F.(2008).Pediatric Rotavirus and Norovirus Diarrhea in Nicaragua. Academic dissertation for the degree of Doctor of Medical Sciences , Karolinska Institutet .


   - 
اگر پایان نامه به زبان فارسی باشد:
نام خانوادگی نویسنده ـ كاما ـ حرف اول نام كوچك نویسنده ـ دو نقطه ـ عنوان تز (داخل گیومه)ـ كاما ـ مقطع پایان نامه ـ كاما ـ دانشگاه مربوطه ـ كاما ـ شماره صفحه - كاما - سال انتشار ـ نقطه

زارع، م : " ارزیابی سروتیپ های شایع روتاویروس و تعیین ژنوتیپ های پروتئین 7 با روش ELISA وNested RT-PCR در میان كودكان بستری شده در بیمارستان شهر مرودشت در سال های87-1386" ، پایان نامه كارشناسی ارشد در رشته میكروبیولوژی ، دانشگاه آزاد اسلامی جهرم ،155-143 ، 1388 .



 
ز ـ نحوه نوشتن مرجع مقالات ارایه شده در كنگره ها و سمینارها كه به چاپ رسیده اند:

   - 
در كنگره های انگلیسی:
نام خانـوادگی ارایه كننده ـ فاصله ـ حـرف اول نام كوچـك ارایه كنـنده ـ نقطه ـ سال ارایــه ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ عنوان مقاله ـ نقطه ـ كلمه «In » ـ دو نقطه ـ عنوان سمینار یا كنگره ( با حروف ایتالیك) ـ كاما ـ ماه و روزهای برگزاری ـ كاما ـ صفحات چاپ شده در كتاب مجموعه مقالات ( داخل پرانتز ) ـ نقطه ـ محل برگزاری ـ دو نقطه ـ نام انتشارات ـ نقطه

Teleb N .(2008).Overview on Rotavirus Surveillance Network in the Eastern Mediterranean Regional. in: 8th International Rotavirus Symposium, 3-4 June ,(20-24). Istanbul, Turkey :Vaccine preventable diseases and immunization (VPI)WHO/EMRO .


   - 
در كنگره های فارسی:
نام خانـوادگی ارایه كـننده ـ ویرگول ـ حرف اول نام كوچـك ارایه كننده ـ دونقطه ـ عنوان مقاله ـ كاما ـ كلمه « در» ـ دو نقطه ـ عنوان سمینار یا كنگره (داخل گیومه) ـ ویرگول ـ زمان برگزاری ( داخل پرانتز ) ـ كاما ـ محل برگزاری ـ كاما - صفحات چاپ شده در كتاب مجموعه مقالات ـ كاما ـ نام انتشارات ـ نقطه

اكبری زاده، الف : بررسی ژنوتیپینگ روتاویروس در كودكان زیر5 سال مبتلا به گاستروانتریت بستری شده در جهرم،  در: « سمینار بررسی بیماری های كودكان » ، (11-15 اردیبهشت  (، تهران، صص25-27، انتشارات دانشگاه تهران.

در صورتی كه در متنی هم از منابع فارسی و هم انگلیسی استفاده شده باشد برای فهرست نویسی منابع :
الف) اگر سیستم ونكوور مورد استفاده قرار گیرد منابع به ترتیب ظهور در متن فهرست خواهند شد و اختلاط منابع فارسی و انگلیسی ایرادی ندارد.
ب) اگر سیستم هاروارد )الفبایی ) بكار رود ابتدا منابع همزبان سپس منابع زبان دیگر آورده می شوند(به ترتیب الفبایی(



ارسال در تاریخ چهارشنبه 8 اردیبهشت 1389 توسط اكرم نجفی

ملاصدرا می گوید: خداوند بی نهایت است و لامكان و بی زمان ، اما به قدر فهم تو كوچك می  شود ، به قدر نیاز تو فرود می آید ، به قدر آرزوی تو گسترده می شود و به قدر ایمان تو كارگشا می گردد.

 

سلام دوستان با توجه به لزوم ارائه ی مستندات مرجع در مقالات و پایان نامه ها و... طبق اسلوبی خاص ، نیاز است که لیست منابع به صورت صحیح و اصولی در انتهای کار آورده شود در اولین پستم قصد دارم شیوه رفرنس نویسی از منابع مختلف را مورد بررسی قرار بدهم :

شیوه رفرنس نویسی :

1- نحوه نگارش منابع و مراجع استفاده شده در متن :

 
الف ـ اگر در متن به موضوع مطالعه اشاره شود نام نویسنده و سال انتشار داخل پرانتز می آید.

In a recent study of reaction time (Solberg , 2009)

 

 ب ـ اگر به نام نویسنده در متن اشاره می شود سال انتشار داخل پرانتز درج می گردد:

Istrate (2008) observed that individuals with selective IgA deficiencies resolve rotavirus disease and that high titers of total IgG and IgG1 rotavirus subclass antibodies may compensate IgA deficiency.

 ج ـ اگر به مقاله ای كه دو نویسنده دارد ارجاع داده شود نام هر دو، هر بار به همراه سال انتشار در داخل پرانتز می آید:

The complete viral particle is constituted by a triple-layered shell protein and the genome that consists of 11 segments of double-stranded RNA (dsRNA) each one coding a protein (Kapikian & Chanock, 2008)

 

 د ـ اگر مقاله كمتر از 6 نویسنده داشته باشد بار اول نام همه آنها به همراه سال انتشار و در دفعات بعد فقط نام نویسنده اول به همراه سال انتشار و داخل پرانتز آورده می شود:

Nested RT-PCR has been shown to be more sensitive than EIA for the detection of rotavirus excretion in children admitted to hospital (Boom, Sol , Salimans & Jansen ., 2008).

 

RNA extraction for all PCR studies was carried out according to Boom’s silica method (Boom et al., 2008).

 

 هـ ـ اگر كاری شـش ( یا بیـش از آن ( نویسنـده داشتــه باشد فقط نام خانوادگی نویسنده اول و به دنبال آن"et al"   به همراه سال انتشار در داخل پرانتز درج می شود:

Rotaviruses are responsible, annually, for approximately 111 million episodes of gastroenteritis, 2 million hospitalizations, and 440 thousand deaths of children up to five years of age (Parashar et al.,2009).

 

 

 

 و ـ اگر به قسمت خاصی از یك منبع ارجاع داده شود لیست شماره صفحه ) صفحات ( پس از سال انتشار می آید:

In  general,  the  detection  rates  of  untypeable rotavirus strains  ranged  from 7.5%  to 32.2%, and the  index  of  rotavirus  mixed  infections  remained between 8.5% and 21.0% ( Ospino et al.,2006,p.102)

 ز‌ ـ اگر منبع الكترونیك بوده و شماره صفحه ندارد در صورت دسترسی شماره پاراگراف آورده می شود:

As Myers (2000, Para . 5) aptly phrases it ,”positive emotions are boty an – better to live fulfilled,with joy [and other positive emotions ] – and a means to a more caring and healthy society”.

 

 ح - اگر تمام یك وب سایت به عنوان منبع اشاره شود ( و نه قسمتی از آن سایت )، به وب سایت مربوطه در متن اشاره می شود و نیازی به قرارگیری در فهرست منابع ندارد :

The nucleotide sequences obtained were analyzed and compared with sequences deposited in the GenBank database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.

html) and aligned using the Clustal X program .

 

 ط ـ مكاتبات شخصی، سخنرانی ها، نامه ها، خاطرات، مكالمات، نامه های الكترونیك ( e-mail) و غیره كه این موارد نباید در فهرست منابع درج شوند و فقط در متن به آنها اشاره می شود كه شامل نام، نوع مكاتبه و تاریخ خواهد بود:

R. Pugliese ( Personal communication, March 23, 1990 ) also verified this.



ارسال در تاریخ چهارشنبه 8 اردیبهشت 1389 توسط اكرم نجفی
 

Family

Nucleic Acid Envelope

Capsid

Example

Adenoviridae

(آدنو ویروسها)

dsDNA

No

Cubic

Adenovirus

Arenaviridae

(آرنا ویروسها)

ssRNA

Yes

Complex

Lassa fever

 virus

Bunyaviridae

(بونیا ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

Hantaan

Caliciviridae

(کالیسی ویروسها)

ssRNA

No

Cubic

Norwalk virus

Coronaviridae

(کورونا ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

229E

*یکی از عوامل

سرماخوردگی

Filoviridae

(فیلو ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

Marburg

Flaviviridae

(فلاوی ویروسها)

ssRNA

Yes

Cubic

Yellow fever

Hepadnaviridae

(هپادنا ویروسها)

dsDNA

No

Cubic

Hepatitis B

Herpesviridae

(هرپس ویروسها)

dsDNA

Yes

Cubic

Cytomegalo

virus

که عامل اجسام انکلوزیونی

در نوزادان بوده

Orthomyxoviridae

(ارتو میکسو ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

Influenza

Papovaviridae

(پاپوآ ویروسها)

dsDNA

No

Cubic

Papillomavirus

Paramyxoviridae

(پارا میکسو ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

Respiratory syncytial

Parvoviridae

(پاروو ویروسها)

ssDNA

No

Cubic

B19

*تنها دی ان ای دار

تک رشته

Picornaviridae

(پیکورنا ویروسها)

ssRNA

No

Cubic

Rhinovirus

(عامل اصلی سرماخوردگی)

Poxviridae

(پاکس ویروسها)

dsDNA

Yes

Complex

Molluscum contagiosum

* بزرگترین دسته

Reoviridae

(رئو ویروسها)

dsRNA

No

Cubic

Rotavirus

* تنها آر ان ای دار

 ۲ رشته ای

Retroviridae

(رترو ویروسها)

ssRNA

Yes

Complex

Human immuno

deficiency virus

Rhabdoviridae

(رابدو ویروسها)

ssRNA

Yes

Helical

Rabies

Togaviridae

(توگا ویروسها)

ssRNA

Yes

Cubic

Rubella




طبقه بندی: ویروس شناسی،
ارسال در تاریخ سه شنبه 31 فروردین 1389 توسط احمد نیکنام

دانشگاه شاهد از میان داوطلبان واجد شرایط ذیل برای دوره دکتری تخصصی رشته میکروبیولوژی از طریق آزمون علمی و مصاحبه جهت نیمسال اول90-1389دانشجو می پذیرد

مدارک مورد نیاز جهت مصاحبه:
1 – تصویر ریز نمرات کارشناسی و کارشناسی ارشد
2 – توصیه نامه علمی از حداقل 2 نفر از اساتید دوره کارشناسی ارشد در تخصص مربوطه
3 – شرح مختصری از فعالیتهای آموزشی-پژوهشی شامل سوابق تدریس، طرح های پژوهشی اتمام یافته یا در دست اجرا و مقالات چاپ شده
نحوه ثبت نام و توزیع کارت:
داوطلبان واجد شرایط فوق باید فرم ثبت نام شرکت در آزمون را تکمیل و همراه با مدارک مورد نیاز حداکثر تا پایان وقت اداری 25/1/89 با پست سفارشی به نشانی زیر ارسال نمایند.

نشانی: ابتدای آزاد راه تهران-قم، روبروی حرم مطهر امام خمینی (ره)، دانشگاه شاهد، دانشکده علوم پایه، صندوق پستی: 159-18155
تلفن: 51212649-021

مواد امتحانی ضرایب زمان برگزاری امتحان
روز ساعت
میکروبیولوژی (صنعتی، خاک، محیطی و پزشکی 4 7/2/89 12-8
ژنتیک و مهندسی ژنتیک پروکاریوتها 3 7/2/89 12-8
فیزیولوژی میکروارگانیسم ها 2 7/2/89 18-14
ویروس شناسی پیشرفته 1 7/2/89 18-14
اکولوژی میکروارگارنیسم ها 1 7/2/89 18-14
زبان تخصصی 1 7/2/89 18-14

جهت کسب اطلاعات بیشتر:

http://www.shahed.ac.ir/new/shahed/applications.php?name=shcnt&l_op=show_news_detail&nid=781

 

.




طبقه بندی: اطلاع رسانی،
ارسال در تاریخ یکشنبه 15 فروردین 1389 توسط احمد نیکنام
‏ روش‌های تغییریافته ‏PCR‏ و كاربرد این روش‌ها در شناسایی و درمان


واكنش زنجیره‌های پلیمراز (‏PCR‏) روشی است برای تكثیر اختصاصی قطعات ‏DNA‏ كه نخستین بار در سال 1985 گزارش شد. در این روش قطعه‌ای از ‏DNA‏ به طور انتخابی با به‌كارگیری دو پرایمر اولیگونوكلوئوتیدی و آنزیم پلیمراز ‏Tag‏ می‌توان تا ده هزار برابر تكثیر كرد. هریك از این دو پرایمر به رشته‌های مخالفشان در روی ‏DNA‏ هدف متصل شده و مكان آنها به‌گونه‌ای است كه سنتز زنجیره ‏DNA‏ توسط آنزیم پلیمراز تنها در میان دو پرایمر انجام می‌گیرد.

 ‏
از آنجا كه زنجیره‌های تازه ساخته شده خود مكمل پرایمرها است، این چرخه می‌تواند پس از یك مرحله واسرشته شدن زنجیره‌های ‏DNA‏ از هم تكرار شود. به عبارتی ‏PCR‏ روشی است برای یك برنامه دوره‌ای مشتمل برای تكرار گرم و سرد كردن و ‏DNA‏ به‌كمك یك آنزیم ‏DNA‏ پلیمراز مقاوم به گرما و یك جفت پرایمر تحت تكثیر انتخابی قرار می‌گیرد و از طریق این روش ‏DNA‏ به صورت تصاعد هندسی زیاد می‌شود. امروزه روش ‏PCR‏ جایگاه بسیار مهمی را در جنبه‌های مختلف مهندسی ژنتیك، بیولوژی مولكولی، میكروب‌شناسی تشخیصی تشخیص سرطان و بیماری‌های ژنتیك، تشخیص هویت، جرم شناسی (پزشكی قانونی جهت تشخیص منشأ نمونه اسپرم، خون و ...) تعیین ترادف، باستان‌شناسی، مطالعات تكاملی موجودات و ... پیدا كرده است. كاربرد بیشتر و دقیق‌تر تكنیك ‏PCR‏ در تشخیص، روش‌های تغییر یافته‌ای از آن به وجود آمده است كه به تعدادی از آنها اشاره می‌شود.


مالتیپلكس پی سی آر (‏Multiplex-PCR‏)‏
‏ یكی از روش‌های تغییریافته ‏PCR‏ است كه در آن تنها یك جایگاه ژنی مورد بررسی قرار می‌گیرد، با استفاده از پرایمرهای مختلف می‌توان چندین جایگاه را مورد بررسی قرار داد و از چندین جفت پرایمر اختصاصی جهت تكثیر استفاده می‌شود. كاربردهای این روش می‌تواند شامل موارد زیر باشد: ‏
‏1) بخش‌های بزرگی از یك ‏DNA‏ (هدف)، جهت جست‌وجوی تغییرات می‌تواند بررسی شود. برای مثال كشف نقص‌ها در بیماری دیستروفی عضلانی روشن یا كشف بخش‌های مختلف ‏IS6110‎‏ و ‏IS986‎‏ در مایكروباكتریوم توبر كلوزیس عامل بیماری سل، ‏
‏2) بخش‌های غیرمربوط به هم در ژنوم هدف می‌تواند مورد آزمایش واقع شود و‏
‏3) می‌توان از طریق این روش با پرایمرهای مختلف به جست‌وجوی عوامل مختلف پرداخت، مانند شناسایی عوامل شایع مننژیت. این روش بیشتر برای شناسایی جایگاه‌هایی از ژن‌ها به كار می‌رود كه انواع زیادی از جهش در آنها به وقوع می‌پیوندد.‏


آرتی-پی‌سی آر (‏RT-PCR‏)‏
‏ این روش به ‏PCR‏ نسخه‌برداری معكوس نیز معروف است كه ماده اولیه در آن ‏RNA‏ است. اولین مرحله در این روش تبدیل ‏RNA‏ به ‏DNA‏ (‏DNAای كه مكمل توایس‌های ‏mRNA‏ است) توسط آنزیم نسخه‌بردار معكوس صورت می‌گیرد (‏RT‏). برخی از موجودات مانند برخی از ویروس‌های ‏RNAدار، ژنومشان تنها از ‏RNA‏ ساخته شده است. بعضی از ویروس‌ها مانند ویروس هپاتیت ‏B‏ هرگز به شكل ‏DNA‏ مابین  در اثر آنزیم نسخه‌بردار معكوس درنمی‌آید. آنزیم نسخه‌بردار معكوس (‏RT‏) در این روش از  "‏Avian Myeloblastosis Virus (AMV)‎‏" و "‏Moloney Murine Leu Kemia Virus (MMLV)‎‏ " به‌دست آمد.
كاربرد این آنزیم به‌دلیل آن‌كه آنزیم به حرارت حساس بود در ابتدا پایین بود ولی با كشف باكتری به نام "ترموس ترموفیلوس" یك ‏DNA‏ پلیمر از مقاوم به نام (‏Tth‏) بهبود یافت كه در حضور یون ‏Mn+2‎‏ دارای فعالیت نسخه‌برداری معكوس است و در دمای 72 درجه سانتیگراد توسط این آنزیم از روی ‏RNA، ‏DNA‏ ساخته می‌شود و سپس ‏Mn+2‎‏ اضافی توسط اتیلن گلیكول تترااستیك اسدی (‏EGTA‏) حذف می‌شود و سپس این آنزیم از ‏DNAای كه خود ساخته استفاده و آن را تكثیر می‌كند.‏


آرمز پی‌سی‌آر (‏ARMS-PCR‏)‏
‏ این روش تكثیری قدرتمند برای مشخص كردن جهش‌های نقطه‌ای است. در این روش از پرایمرهای جهش یافته و طبیعی در دو لوله جداگانه استفاده می‌شود. اگر عمل پلیمریزاسیون در لوله حاوی پرایمر طبیعی انجام شود، نشان‌دهنده نبود جهش نقطه‌ای در باز مورد نظر است و اگر عمل پلیمریزاسیون در لوله‌ حاوی پرایمر جهش یافته انجام شود، نشان‌دهنده حضور جهش نقطه‌ای در باز مورد نظر است. این روش نام‌های دیگری نیز دارد از جمله ‏MAMA-PCR‏ مخفف ‏Amplificatin Multation Assay‏ ‏Mismatch‏ و ‏COP-PCR‏ مخفف ‏Competitive Oligonucleotide Primming‏. ‏


نستد پی‌سی‌آر (‏Nested-PCR‏)
در این روش از دو جفت پرایمر استفاده می‌شود، طوری كه جفت دوم در بنی جفت اول جای می‌گیرد. در این روش ابتدا پرایمر بیرونی توالی هدف در طول 30-15 چرخه تكثیر می‌شود، سپس محصول ‏PCR‏ حاصل به لوله‌ای دیگر منتقل می‌شود و به‌عنوان الگو و با استفاده از جفت پرایمر داخلی مرحله دوم ‏PCR‏ انجام شده و ترادف كوچكتری از ‏DNA‏ كه درون ‏PCR‏ اولی است، به اندازه 40-15 چرخه تكثیر می‌شود.‏
مزایای این روش تغییر یافته ‏PCR‏ عبارت است از: 1) نیاز به پروب (كاوشگر) و تأییدهای بعدی كمتر است، 2) حساسیت در این روش به میزان زیادی بالاتر است و 3) به دلیل انتقال محصول ‏PCR‏ دور اول به لوله جدید، ممانعت كننده‌ها رقیق می‌شود. این روش در تعیین جنسیت جنین در سه ماهه اول بارداری استفاده شده و از این طریق توانسته‌اند بیماری‌های وابسته به جنس را تعیین كرده و از تولد كودكان بیمار جلوگیری كنند.‏
همچنین ویروس "سیتومگالوویدوس" كه می‌تواند سبب ناشنوایی در 1% از كودكان شود، توسط این روش تشخیص داده شده و امكان درمان زودهنگام از این طریق امكان‌پذیر است. جنین‌های مبتلا به سندروم داون نیز در مرحله بارداری مادر با این روش تشخیص داده شدند.


 ‏Real-Time PCR
‏ به علت ورود نسل جدیدی از ترموسایكلرها با سیستم فلورومتری كه اجازه پایش پیوسته خاصیت فلوئورسانس محصول ‏PCR‏ در زمان جمع شدن را می‌دهد، این روش ابداع شد. در این روش از كاوشگرها یا پروب‌های هیبریداسیون نشان‌دار شده با رنگ‌های فلورسانس در انتهای 5 یا 3 استفاده می‌شود. كه امكان پایش پیوسته محصول ‏PCR‏ را بدون جداسازی آنها در روش‌های الكتروفورز در ژل آگاروز یا ژل پلی آكریل آمید می‌دهد. این سیستم در سال 1992 كشف شد. این روش به دلیل كاهش زمان سیلك‌های ‏PCR، حذف مرحله ‏Post-PCR‏ و كاربرد نشانگرهای فلوروژنیك و روش‌های حساس آشكارسازی تابش آنها باعث افزایش سرعت این سیستم نسبت به سیستم ‏PCR‏ معمولی شده است. سازندگان و كاربران این روش سعی می‌كنند محصول ‏PCR‏ كوچك‌تر طراحی كنند تا سرعت افزایش یابد اما تجربه نشان داده كه كاهش اندازه محصول لزوماً بازده ‏PCR‏ را بهینه نمی‌كند. البته این روش دارای معایبی نیز است از جمله می‌توان به عدم ناتوانی در مشخص كردن اندازه محصول بدون باز كردن سیستم و ناسازگار بودن برخی پلت فرم‌ها با شیمی برخی رنگ‌های فلورژنیك اشاره كرد. برای شناسایی بسیاری از ویروس‌های عامل بیماری‌های انسان از این روش استفاده شده است. ‏

مراجع:‏
1. Guven.S,Yilmaz. E,kutby.H and eta. The Diagnostic Value of Polymerase chain Reaction (PCR) in Bronchialveolveolar Lavage. Eastern Journal of Medicine 9(1): 07-12, 2004
2. Maeda.S and etal. Helicobacter Pylori specific nested PCR assay for the detection of 23 S rRNA mutation associated with clarithomycin resistance. Gut.bmj.com.2007
3. Pusterla.N and etal. Real time polymerase chain Teaction: A Novel Molecular Diagnostic Tool for equine Infectious Disease. Journal vet International Medical; 20:3-12, 2006.
4. Salto‎-Telez M,etal. Multiplex RT-PCR for the Detection of Leukemia-Associated Translations. Journal of Molecular Diagnostic; 54):231-236, 2003.‎
5. Vakulenko.S.B and etal. Multiplex PCR for Detection of Aminoglycoside Redsistance Gene in Enterococci. Animicrobal agents and chemotherapy;‎ 47(4)1423, 2003.
6. Hajbeigi.H and Radpour.R. Gentic Terminology Book. First edition. 424 Page 2002.




طبقه بندی: نرم افزارهای زیستی،
ارسال در تاریخ یکشنبه 9 اسفند 1388 توسط احمد نیکنام
(تعداد کل صفحات:28) ... 5 6 7 8 9 10 11 ...

قالب وبلاگ

Email Icon by Parstools.com